Реализация государственной программы в масштабах страны должна осуществляться на основе опыта, накопленного при осуществлении пилотных проектов.

Для отработки механизмов реализации государственной программы предлагается начать реализацию пилотных проектов в сфере государственно-частного партнерства и пилотных региональных программ.
Запуск механизмов государственно-частного партнерства уже в 2009 году позволит привлечь в сектор водоснабжения и водоотведения инвестиции, в том числе, и частные, стимулирующие внутренний спрос и обеспечивающие рост производства и занятости.

Осуществление пилотного проекта в сфере государственно-частного партнерства возможно с привлечением крупной кредитной организации, в органах управления которой представлено государство. Это позволит в дальнейшем перейти от пилотного формата взаимодействия к формату, установленному нормативными правовыми актами, принятыми во исполнение государственной программы.

Отработка механизма финансирования региональных проектов может производиться на примере финансирования нескольких региональных программ, подготовленных органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации.

В числе пилотных проектов также должны быть представлены проекты по оснащению объектов социальной инфраструктуры системами доочистки воды, имеющие особую социальную значимость. Результаты реализации пилотных проектов должны быть учтены при подготовке нормативной правовой базы, формируемой в рамках реализации государственной программы.