Общее руководство и контроль за реализацией государственной программы осуществляет Правительственная комиссия по реализации государственной программы «Чистая вода» под председательством Заместителя Председателя Правительства Российской Федерации.

Правительственная комиссия является координационным органом, обеспечивающим согласованные действия заинтересованных органов исполнительной власти по разработке и реализации единой государственной политики в сфере обеспечения населения чистой питьевой водой и устойчивому долгосрочному развитию сектора водоснабжения и водоотведения.

Непосредственное управление реализацией программных мероприятий осуществляется Дирекцией государственной программы, которая создается посредством постановления Правительства Российской Федерации и подчиняется Правительственной комиссии. В реализации государственной программы участвуют федеральные органы исполнительной и законодательной власти, органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органы местного самоуправления и организации коммунального комплекса.

Дирекция создается в форме федерального государственного учреждения «Дирекция по управлению государственной программой «Чистая вода». Полномочия дирекции государственной программы, а также порядок ее деятельности определяются уставом, утверждаемым в установленном порядке. В состав Дирекции государственной программы входят представители федеральных органов исполнительной и законодательной власти и независимые эксперты.

Государственным заказчиком-координатором государственной программы и главным распорядителем бюджетных средств является Министерство экономического развития Российской Федерации. которое осуществляет разработку нормативных правовых документов, определяющих порядок реализации государственной программы, в том числе:

• порядок подготовки региональных программ и методику их отбора;
• устав Российского фонда развития систем водоснабжения и водоотведения;
• порядок отбора и финансирования проектов в области поддержки инновационных отечественных технологий и производства оборудования и материалов.

Основными функциями Дирекции государственной программы являются

• проведение конкурсов по отбору региональных программ;
• обеспечение взаимодействия федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления и организаций коммунального комплекса, участвующих в реализации региональных программ;
• организационное и техническое содействие органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации, организациям коммунального комплекса и другим претендентам на участие в государственной программы;
• координация деятельности федеральных органов исполнительной и законодательной власти по разработке нормативных правовых документов, необходимых для создания системы эффективного управления сектором водоснабжения и водоотведения;
• сбор и анализ информации о ходе выполнения региональных программ в рамках проведения мониторинга;
• организация независимой экспертизы результатов реализации мероприятий государственной программы;
• формирование нормативно правовой базы деятельности Российского фонда развития систем водоснабжения и водоотведения;
• контроль за деятельностью инвестиционных фондов;
• осуществление научно-исследовательских работ;
• формирование информационной аналитической базы о состоянии сектора водоснабжения и водоотведения;
• подготовка докладов о ходе реализации государственной программы;
• публикация информации о ходе реализации программы, взаимодействие со средствами массовой информации.

Порядок проведения конкурсов, порядок и критерии отбора; условия выделения средств государственной программы определяются Минэкономразвития России – государственным заказчиком-координатором государственной программы.

Дирекция государственной программы предоставляет государственному заказчику-координатору информацию о ходе реализации государственной программы и об использовании бюджетных средств.

Субъектам Российской Федерации рекомендуется на основе государственной программы разработать и утвердить региональные программы «Чистая вода»

Субъектам Российской Федерации, программы которых прошли конкурсный отбор, предоставляется финансирование за счет средств государственной программы. Участие в государственной программе субъектов Российской Федерации возможно при условии, что субъектом Российской Федерации предусмотрены обязательства по финансированию мероприятий государственной программы за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации и привлеченных внебюджетных средств, а также по выполнению субъектами Российской Федерации установленных целевых показателей государственной программы.